E-M1 Mark III先进的自动对焦系统，继承了OM-D E-M1X的算法与自定义特点，搭配每秒18张的自动对焦/自动曝光追踪的高速性能，可捕捉快速移动中的被拍摄对象。另外，应摄影师要求配备的多向摇杆，方便摄影师在拍摄移动中的对象时，平滑变换自动对焦目标
。
与此同时，新增的“星空自动对焦”功能，可在夜空下精准自动对焦，从而摒弃了耗时颇多的手动对焦操作。
脸部/眼部优先自动对焦功能，在检测精准度与追踪性能方面，有显著提升。
E-M1 Mark III配备了一个121点全区域十字相位检测自动对焦传感器，可在水平以及垂直方向，精准检测被拍摄对象。一个垂直与水平覆盖率分别高达75%与80%的自动对焦区域，即便是面对移动中的被拍摄对象，仍可实施大范围精准追踪。另外，由于相位检测自动对焦无光通量限制，因此，即便是使用一款M.Zuiko PRO F1.2系列定焦镜头，亦可高精准自动对焦。
E-M1 Mark III可捕捉有效像素高达2037万像素的图像，而且支持最大每秒18张的[1]自动对焦/曝光高速连续拍摄功能。与此同时，在连续拍摄模式下，还兼容实时取景显示，以精准追踪即便是高速移动的被拍摄对象。
在以2037万有效像素拍摄时，支持最大每秒 60张的[1]自动对焦/自动曝光锁定高速连续拍摄，以便清晰捕捉人眼不可见的各个瞬间。
这款轻便小巧的产品，配置了一个多向自动对焦点选择器，允许用户在透过取景器取景时，快速移动自动对焦位置。即便是在连续拍摄过程中或拍摄视频时，用户可依据不断变换位置的被拍摄对象，快速移动自动对焦区域，轻松构图。
自动对焦目标功能，新增了一项光标移动选项，用户既可在自动对焦区域的边缘，终止自动对焦，又可将自动对焦目标，移至下一行或下一列的另一端。
专门针对星空开发的新的自动对焦算法。
在拍摄天体时，通常采用手动对焦。新算法的加入，让精准自动对焦成为可能，其对焦精准度，令摄影师羡慕不已。推荐所有专注星空摄影人士，体验这一功能所呈现的惊人的自动对焦性能。
基于不同的拍摄场景，两大模式可供选择，即速度优先/精准度优先。
速度优先（缺省设置）
以自动对焦速度优先，自动对焦操作，可在短时间内完成。得益于强劲的[2]图像防抖性能以及星空自动对焦功能，用户可使用广角镜头或标准变焦镜头拍摄星空。
精准度优先
在该模式下，用户需借助三脚架拍摄天体。高精准度自动对焦，是建立在更为详尽的焦点扫描的基础之上的。另外，该模式还可用于远距离拍摄指定星星。
*一旦将自动对焦模式设置为“星空自动对焦”，按下AEL/AFL按钮，便可激活自动对焦操作（缺省设置）。
可自动检测并对焦被拍摄对象的脸部/眼部优先自动对焦功能得以升级。全新的图像处理器TruePic IX与经改进的自动对焦算法，大幅度提高了检测的精准度。
与此同时，该功能还可稳定追踪对焦诸如侧脸等一类难以检测的被拍摄对象。无论是选择检测到的人脸或眼睛，或是开启、关闭脸部/眼部检测功能，单键或触控操作均可实现。即便是拍摄视频，包括自拍视频在内，该功能尤为有用。
小尺寸脸部/眼部的检测精准度，得以提升
即便是面对像侧脸等难以检测的场面，依然可以稳定对焦被拍摄对象。
在检测到多张人脸之后，可通过按钮或者触控操作，选择特定的人脸进行对焦。如需关闭或启用人脸检测功能，单键操作即可（须提前指派这一功能给特点按钮）。
E-M1 Mark III还针对不同的被拍摄对象，提供了六个自动对焦目标模式。
在使用除了单点、小点与121点之外的其它自动对焦目标模式之外的情况下，可自由关闭或开启C-AF中点优先功能（缺省为开启）。当无法自动对焦中心区域时，周边区域亦可辅助对焦，尤其适用于活跃的被拍摄对象。
单一：适用于拍摄静止或小型被拍摄对象，譬如风景与三脚架辅助拍摄等
五点组：适用于九点组过宽的移动中的被拍摄对象，譬如足球赛事等
九点组：适用于移动中的被拍摄对象，譬如飞机与各种赛事等
25点组：适用于121点过宽的移动中的被拍摄对象，譬如鸟类、小型动物等
121点：适用于快拍以及在整个屏幕范围内移动的被拍摄对象
小点自动对焦：精细对焦
E-M1 Mark III允许用户自定义自动对焦目标，以便更好地匹配被拍摄对象。在自定义过程中，可从11个垂直点或水平点中选择，或任意奇数点，以设定个性化的自动对焦区域。除此之外，自动对焦区域在水平以及垂直方向的移动幅度三级可选。.
自动对焦区域：从11个垂直点与11个水平点中选择任意奇数点
自动对焦区域移动挡位：三级水平与垂直自动对焦区域移动挡位
C-AF追踪灵敏度共分五级，具体视被拍摄对象与场景而定，以便更好地追踪目标被拍摄对象。
| 被遮挡时自动对焦响应 | 被拍摄对象的移动 | 详情 | C-AF 敏感度 |
|---|---|---|---|
快速 延迟 |
随意稳定 |
 进一步改善针对在镜头前后快速移动的被拍摄对象的自动对焦性能。 |
+2 |
| +1 | |||
| 标准（推荐） 众多被拍摄对象的合理设置 |
0 | ||
 进一步改善了受到其它对象干扰的主要被拍摄对象的自动对焦性能。. |
-1 | ||
| -2 |
自动对焦限定器，可通过设置自动对焦的操作范围，以精准对焦被拍摄对象。镜头的用户设置自动对焦范围上限为三个。自定义操作覆盖开启、关闭以及修改设置。
用户可在水平以及垂直拍摄机位，设置自动对焦目标选项以及自动对焦区域的位置。在 C-AF + MF模式下，如转动对焦环，可在 C-AF与MF模式之间自由切换。 .
针对垂直/水平机位独立的自动对焦区域设置
C-AF+MF
-6EV这一自动对焦低值[*].适用于高精度对焦昏暗场景中的被拍摄对象以及低对比度的被拍摄对象。
针对移动中的被拍摄对象的追踪集群显示
移动中被拍摄对象的追踪集群显示：通过跟随被拍摄对象移动的集群显示，可轻易地确认是否连续对焦被拍摄对象。
超级点自动对焦：:可放大指定区域，并对焦位于中心位置的中点集群自动对焦点。尤其是微距摄影，可实施精细对焦。
峰值焦点：采用边缘强化的方式，清晰划定界限，辅助手动对焦。强化颜色与强度可选。
