基于OM-D E-M1 Mark II的自动对焦系统，可自定义的多重选择摇杆，针对不同大小、移动速度的被拍摄对象的响应能力。E-M1X还增加了智能检测被拍摄对象并自动对焦这一全新功能。
该型号沿用了E-M1 Mark II的121点全区域十字型相位检测自动对焦传感器，让用户在轻松捕捉被拍摄对象同时拥有更大的自由度。该自动对焦系统无光圈限制，即便是搭配诸如f/1.2高速镜头使用时，亦可实现精准对焦。另外，E-M1X还可在拍摄的同时，持续分析捕捉到的自动对焦信息，进而使得在连续拍摄过程中，追踪对焦处在移动状态无法预测的被拍摄对象。
E-M1X的多重自动对焦选择摇杆，允许用户在透过取景器取景的同时，快速移动自动对焦位置。即便是连续拍摄或录制视频，用户仍可依据被拍摄对象，移动自动对焦区域。
1. 水平机位/ 2. 垂直机位
用户可同时针对水平与垂直拍摄位置，设置自动对焦定位模式以及自动对焦区域的位置。当在C-AF模式下拍摄时，只需简单转动对焦环，便可即刻切换至MF模式。
针对垂直与水平拍摄机位，独立设置自动对焦
C-AF模式下的MF操作
E-M1X提供了针对不同大小以及快速移动的被拍摄对象，六个自动对焦定位模式。
单一自动对焦点，适用于静止不动的，而且体型较小的对象为拍摄对象的风光摄影以及三脚架摄影。
五点自动对焦组，适用于拍摄移动中的被拍摄对象，譬如足球与橄榄球球员。
九点自动对焦组，适用于拍摄快速移动的被拍摄对象，譬如飞机与竞速体育赛事等。
25点自动对焦组，适用于在121点自动对焦模式显得过宽时，拍摄诸如飞鸟与小动物等移动的被拍摄对象。
121点自动对焦，适用于抓拍在整个屏幕范围内移动的被拍摄对象。
小点自动对焦，用于精准对焦更小的目标区域。
用户可自定义E-M1X的自动对焦定位模式，以便更好匹配被拍摄对象的行为。在自定义自动对焦区域时，用户可从11个垂直点或水平点中选择目标对焦点，或任意奇数的独立点，用于生成选定的自动对焦区域。另外，自动对焦区域在水平与垂直方向的移动，有三个自定义级别可供选择。.
配置选项 1- 自动对焦区域设置，从11个垂直点或水平点中选择目标对焦点，或任意奇数的独立点
配置选项2 - 自动对焦区域移动级别：水平与垂直方向三个级别可供选择。
基于深度学习技术研发的，可智能检测被拍摄对象的自动对焦的算法，能让照相机检测具体的被拍摄对象。两块TruePic WIII图像处理器，可实时处理对被拍摄对象的检测数据，让系统对焦并追踪特定被拍摄对象的优先对焦点，以强化拍摄精准度。
机动车，方程赛车、拉力赛赛车与摩托车等，精准自动对焦车手的头盔
航空系统，飞机，直升飞机，精准自动对焦飞机的驾驶室
铁路系统，子弹头列车、普通列车与蒸汽火车头，精准自动对焦火车的驾驶室
1. 自动对焦定位 / 2. 检测到的被拍摄对象（最多8个）
1. 自动追踪对焦C-AF追踪敏感度，可依据不同的被拍摄对象与场合，五级设置。
| 镜头前有干扰物时相应的自动对焦 | 被拍摄对象的移动 | 详情 | C-AF 敏感度 |
|---|---|---|---|
快速 延迟 |
异常稳定 |
 针对面向或背离照相机快速改变移动方向的被拍摄对象的自动对焦性能，得以进一步改善。 |
+2 |
| +1 | |||
| 标准（推荐） 适用于不同被拍摄对象的合理设定 |
0 | ||
 进一步改善了在其它对象在镜头前晃过时，对焦主要被拍摄对象的性能。 |
-1 | ||
| -2 |
自动对焦限制器，允许用户设定自动对焦的范围，并精准对焦被拍摄对象。共有三个自动对焦操作范围可供用户选择。自定义操作，允许快速在开启/关闭之间切换，同时修改设置。
脸部/眼部优先自动对焦功能，可自动检测并对焦被拍摄对象的脸部与眼部。该功能，在使用大口径镜头拍摄人像时尤为适用。
即便是在较暗的拍摄环境下，或拍摄低对比度对象时，低至-6EV[*]的自动对焦照度，依然能够实现高精准对焦。
